Počas operácie v celkovej anestézii sa implantuje do spánkovej kosti vnútorná časť implantátu – prijímač do šupiny spánkovej kosti a elektródy sa zavedú do slimáka (kochley). Operácia trvá asi 1-2 hodiny, robí ju skúsený ušný chirurg pomocou operačného mikroskopu. Pooperačná starostlivosť (ak je priebeh po operácii bez komplikácií) spravidla nepresahuje obdobie 1 týždňa.
Obr.: Princíp kochleárnej implantácie - ilustrácia zavedenia elektródy KI do slimáka
Kochleárna implantácia je spojená s rizikami ako každá iná operácia v celkovej narkóze. Ďalším možným rizikom je poškodenie tvárového nervu, zmena citlivosti v okolí ušnice, porucha chuti alebo rovnováhy a zhoršenie ušného šelestu. Dlhodobé nežiadúce účinky elektrickej stimulácie na vnútorné ucho nie sú známe. Môže sa však stať, že zariadenie nebude mať pre niektorého jedinca žiaden prínos.